Ein wichtiger Teil der Arbeit im Jahr 2004 war dem Auftrag gewidmet, die einheitliche strategische Ausrichtung des nunmehrigen ÖBB-Konzerns vorzubereiten, um die Vorteile und Synergien voll zu nutzen. Es wurden Konzernrichtlinien erarbeitet und im Unternehmen publiziert, um klare, praktikable und dem Konzernzweck entsprechende Regeln für die Zusammenarbeit und Abstimmung festzulegen. In den Gesellschaften des ÖBB-Konzerns wurden die jeweiligen Unternehmensstrategien erarbeitet, die in einer zukunftsweisenden Konzernstrategie zusammengeführt wurden.
Die neu entstandenen, markt- und aufgabenorientierten Gesellschaften des ÖBB-Konzerns werden von der ÖBB-Holding AG gesteuert und koordiniert. Dies erfolgt unter Einbindung der Aufsichtsräte der operativen AGs. Die Kapitalvertreter in diesen Aufsichtsräten bestehen zumindest zur Hälfte aus Vorstands- oder Aufsichtsratsmitgliedern der ÖBB-Holding AG, wodurch eine einheitliche Konzernlinie gesichert wird. Dies gilt insbesondere für Schnittstellen zwischen den Konzerngesellschaften, die von der ÖBB-Holding AG optimiert werden sollen.
In den konzernübergreifenden Bereichen Entwicklung, Umwelt / Nachhaltigkeit, internationale Beziehungen und in den Anstrengungen um die Schaffung einer barrierefreien Bahn für Menschen mit Mobilitätseinschränkung nimmt die ÖBB-Holding AG koordinierende Aufgaben wahr.